使用者は，従業員に，時間外労働または深夜労働をさせた場合には，通常の賃金の２５％以上の割増賃金を，休日労働をさせた場合には，通常の賃金の３５％以上の割増賃金を支払わなければなりません。また，時間外労働の時間が１か月６０時間を超えた場合には，原則として，その超えた時間の労働に対して，通常の賃金の５０％以上の割増賃金（深夜労働と重なる場合には７５％以上）を支払わなければなりません（但し，例外あり）。
| 深夜労働にも当たる場合 | ||
|---|---|---|
| 時間外労働（法定労働時間を超える部分） | ２５％以上 | ５０％以上 |
| 時間外労働（月６０時間を超える部分） | ５０％以上 | ７５％以上 |
| 休日労働 | ３５％以上 | ６０％以上 |
| 深夜労働 | ２５％以上 |
また，使用者は，事業場毎に，過半数労働組合または従業員の過半数代表者との間で，時間外労働等に関する協定（いわゆる「３６協定」）を締結し，行政官庁に届け出なければ，従業員に時間外労働等をさせることはできません。
特に中小企業においては，３６協定を締結しないで時間外労働をさせていたり，事業場単位で３６協定を締結していないケースも少なくありませんが，いずれも労働基準法違反となります。
以上の違反行為は，いずれも労基署による是正勧告の対象となるほか，６か月以下の懲役または３０万円以下の罰金といった刑事罰の対象となります。
